Protagoniste principal de la série (aussi appelé "Emrys" par les druides), Merlin arrive à Camelot par "ordre" de sa mère Hunith qui désire plus que tout le protéger des autres en raison de ses nombreux dons.

Il quitte donc sa ville natale d'Ealdor et le royaume d'Albion pour rejoindre la cité royale et rencontre Gaius qui ne tarde pas à découvrir la véritable nature du jeune homme.

En effet Merlin est un magicien et possède de nombreuses facultés depuis la naissance. Il peut entre autre ralentir le temps, invoquer le feu, donner vie à toutes sortes de choses ou encore déplacer les objets par la simple volonté de son esprit.

Au tout début de la série, Merlin est un jeune homme joyeux et de bonne humeur. Il est aussi perdu car il n'arrive pas à donner un véritable sens à sa vie et ne comprend pas pourquoi il doit cacher ses dons aux yeux de tous. Il noue une vraie complicité avec Guenièvre qui lui avoue préférer les hommes simples comme lui, plutôt que des arrogants comme Arthur. Il est aussi très proche de Morgane, la jeune femme ayant elle-aussi des talents de magicienne (sa trahison affectera réellement Merlin).

Avant de devenir le Valet de chambre d'Arthur, Merlin aidait Gaius à apporter les remèdes aux gens du château. Ce n'est qu'après avoir sauvé la vie du prince que le magicien devient son "servant". Et pourtant visiblement, rien ne destinait les deux jeunes hommes à se rapprocher : Arthur est un prince arrogant, fier et vaniteux là où Merlin est simple, jovial et spontanné.

Le jeune magicien ne connaissait d'ailleurs pas Arthur avant de lui tenir tête dans la Cour de Camelot (Merlin ayant voulu prêter main forte à un jeune homme). Cette altercation permis néanmoins à Arthur de reconnaitre en Merlin un homme "brave et intéressant" avant qu'une profonde et belle amitié s'installe entre eux.

(Arthur et Merlin)

Hébergé et nourri chez Gaius, Merlin ne peut s'empêcher d'entendre une voix l'appeler toutes les nuits. Il découvre alors que le Grand Dragon cherche à entrer en contact avec lui. La Créature lui fait alors part de la véritable quête du jeune homme : Merlin est celui qui doit aider Arthur à devenir un jour le futur roi de Camelot.

Le magicien fera alors très régulièrement appel à ses dons pour aider Arthur, tout en lui cachant sa vraie nature. Le chevalier Lancelot le découvrira dans la Saison 1 mais gardera secret la nature de Merlin.

A mesure que passe le temps, Merlin prend davantage confiance en lui et en ses dons. Il se met aussi plus en danger pour aider ses amis. Toujours épaulé par Gaius et le Grand Dragon, Merlin vient à bout de nombreux adversaires tels que le sorcier Cornélius Sigan ou encore Nimue, une terrible déesse qui lui laissa un choix cruel : sauver Gaius ou Hunith, sa mère.

Merlin choisira finalement de redonner la vie à Gaius mais, ivre de rage d'avoir perdu sa mère, tuera la Déesse sans la moindre pitié.

Parallèlement, le magicien continue de veiller sur Arthur et de l'aider dans ses nombreuses quêtes. Lorsque Morgause menacera gravement Camelot, Merlin choisira de libérer le Grand Dragon (le jeune magicien ayant une dette envers lui) mais la créature devenant incontrollable, elle détruira une partie de Camelot. Merlin s'en voudra profondément et partira à la recherche du dernier Maitre des Dragons, seule personne capable de les contrôler.

Il fera la rencontre de ce dernier qui se révèlera être Balinor... son père. Les retrouvailles seront cependant de courtes durées : Merlin, Arthur et Balinor sont attaqués par des bandits et le père du magicien est tué. A sa mort, Merlin héritera du don et sera désormais capable de commander les dragons. Il retournera à Camelot où il réussira à contrôler la Créature mais lui demandera en échange de quitter la ville et de ne jamais revenir.

La saison 3 marque un tournant pour Merlin. Après avoir empoisonné Morgane dans la S2 (seul moyen de rompre le sortilège qui tuait un par un les habitants), celle-ci disparue de Camelot pendant un an avant de revenir au château. Mais la joie fit place à la déception, à la peur et à l'incompréhension lorsque Merlin découvrit que Morgane projettait de s'emparer de Camelot. Malheureusement le jeune homme ne pourra rien faire : Morgane étant la pupille du Roi, personne ne le croirait. Seul Gaius sera mis au courant (Guenièvre s'en rendra également compte plus tard !). Le rôle de Merlin auprès d'Arthur est donc bien plus important.

Parallèlement, Merlin rencontrera le Roi Pêcheur, un sage et vieux roi qui lui remettra une fiole contenant de l'eau du Lac d'Avalon. Avant d'accomplir les dernières volontés du Roi, Merlin apprend que cette fiole pourrait bien représenter, un jour, leur seule chance de sauver Camelot.

Toujours préoccupé par ceux qui lui sont chers, Merlin ira jusqu'à réciter une formule de vieillissement pour prouver l'innocence de Guenièvre qui, piégée par Morgane, se retrouve condamnée à mourir brûler vive.

Gaius ira même jusqu'à trouver l'antidote capable de briser le sort (l'enchantement étant trop puissant pour Merlin) et le couvrira également lorsqu'Arthur demandera de lui dire où Merlin se trouve, prétextant que le jeune homme s'est rendu à la taverne. De belles et profondes amitiés et rencontres marqueront Merlin comme la jeune druidesse Freya dont il tomba amoureux ou encore Gauvain et Lancelot. Ce dernier lui révèlera même qu'Arthur aurait du le choisir en tant que chevalier pour son courage. Mais Arthur fait bien plus que ça : il place Merlin à sa droite de la Table Ronde et ne lui donne aucun choix ! Le jeune magicien doit continuer sa quête à ses côtés.

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(Conversation entre Gaius et Merlin)

« Ce sais ce que c’était. Je veux juste savoir où tu as appris à le faire ! »

« Nulle part ! »

« Alors comment connais-tu la magie ? »

« J’la connais pas ! »

« Où as-tu étudié ? Répond-moi !! »

« J’ai… j’ai jamais étudié la magie ni reçu le moindre enseignement ! »

« Est-ce que tu me mens mon garçon ? »

« Que voulez-vous que je vous dise ? »

« La vérité ! »

« Je suis né avec cette faculté ! »

« C’est impossible ! Qui es-tu ?»

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(Conversation entre Lancelot et Merlin)

« Tu sais Merlin, c’est toi qu’Arthur aurait du faire chevalier. Tu es le plus courageux d’entre nous et il n’en a aucune idée.»

« Il ne doit pas le savoir. Il est trop tôt. C’est pourquoi je dois trouver le moyen d’atteindre la Coupe sans qu’Arthur le sache ! »

« Je m’en occupe !»

Dans la saison 4, Merlin utilise à nouveau le sortilège de vieillissement pour aider Uther à se rétablir. Mais la magie bénéfique échouera et le Roi mourra. Merlin n'avouera jamais ce crime mais s'en voudra pendant longtemps, s'accusant d'avoir tué Uther même après avoir appris l'existence de l'onguent magique caché par Morgane.